人類的足跡遍佈地球的表面，但是在地球表面之下的洞穴中，卻還隱藏了許多人類未曾見識過的秘密。一般人印象中的洞穴是陰冷、危險、神秘的代言詞，是海盜藏寶的巢穴，是鬼魅的住所，這全是因為我們對它們不瞭解而產生的錯覺。洞穴的真正面貌比我們想像中的更為豐富有趣，洞穴中的生物因為特殊的環境條件而發展出和我們截然不同的生活方式，它們是地質學家和生物學家的寶庫，也是研究遠古人類活動的重要遺跡。

「洞穴搜祕」是由兩位女性冒險家（南西與荷素）帶領觀眾進入地球嚴苛的地形，深入美國大峽谷岩壁、冰冷嚴寒格陵蘭島及尤加敦半島，進行驚險刺激的探勘，探討不為人知的洞穴秘密。其中微生物學家荷素在嚴苛惡劣的環境下，試圖尋找能夠生存的微生物，進而製造出新的藥物，有助於治療人類的重症。

影片從亞利桑那州北部的那瓦荷開始，在遼闊的天然保留區中，寸草不生的沙漠環境，探索三百英呎深又令人讚嘆的奇麗洞穴。單人獨木舟一躍而下，衝入科羅拉多河，展開刺激驚險泛舟之旅。在百萬年以上歷史的河流沖刷切割，流水帶走泥土，行成形狀怪異的石灰岩洞。繼而加入北極探險隊，前往位於寒冷北極的格陵蘭島，在陽光溶解冰河，形成湛藍瑰麗的冰川洞穴，試圖找到地球上最耐冷的生物，展開艱困危險的冰岩洞穴搜集。最後在墨西哥灣尤加敦半島，在世界上最長的水下洞穴裡，利用染料研究洞內水的流向，並試圖在複雜如同迷宮般的水下洞穴，尋找出特異微生物。

兩位酷愛洞穴的探險家，在不同環境的洞穴中驚險刺激之旅中，完成在大峽谷岩壁、格陵蘭冰洞及墨西哥森林的水底洞穴探險，見證地球演變的歷史。影片洞穴中所呈現的畫面總是令人讚嘆不已，深感渺小的人類，竟在大自然的鬼斧神工地形裡，一探生物界的奧秘，展現無語倫比的冒險精神。過程中，你會發現「洞穴搜祕」是部結合科學與冒險的電影，就讓我們跟隨南西與荷素腳步，大膽走進漆黑的洞穴世界，一探地球的奧秘吧!