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國家設立的第一座科學博物館
世界上的文明國家，都擁有若干歷史悠久、規模龐大的科學博物館。它不僅是一個國家科學發展的忠實紀錄和科學進步的具體象徵，同時也是國民求知與休閒的場所。無可諱言的，我國在這方面是落伍的。國民政府於抗日戰爭前，曾在中央博物院之計畫內，在首都南京籌設科學博物館。然而戰亂頻仍，國事百廢待舉，後又播遷來臺，終未能實現。因此，國立自然科學博物館為國家設立的第一座科學博物館。
第二次世界大戰之後，聯合國成立，在其教科文組織中設立了國際博物館協會，以推行世界性的博物館建設活動。該會由於「自然歷史」的名稱偏重於回顧與標本儲藏，不合乎時代的需求，乃漸以「自然科學」取代之，以表達服務社會的積極性與前瞻性，亦即強調其社會教育之功能。自然歷史要以強調生存與環境的交互影響關係為主，進而表現出各民族求生存的獨特方式。對自然之闡釋乃滲入了濃厚的文化色彩，俾使各國國民了解自己的傳統，並肯定其獨特的價值。因此，自然科學博物館的潮流，乃在傳統的研究與收藏等純學術活動之外，增加了地方性、民族性、社會性的內容，肩負起更廣泛的教育任務。
到70年代，由於能源危機之發生，舉世警覺於環境保育之重要，年輕一代乃呼籲博物館應服務於社會，不可一味遷就工業界之現實，應努力推展自然與生態之觀念。知識界為時代之尖兵，其極力自各角度闡釋生態維護的重要性，並強調人乃大自然之一小部分的觀念。自然科學博物館的重要性因而更加得到肯定，並賦與新的職責。自此而後，中小型的、以自然科學為主題的地方性博物館乃大量設立。
國立自然科學博物館在這樣的時代背景下誕生，其所肩負的使命是艱鉅的，也是多方面的。首先，我們要負起傳統自然歷史博物館之任務，對自然物與人類學遺物進行收藏與研究。在外國，自然史館的蒐藏量動輒以千萬計，為生命科學研究的學術重鎮。最近若干年來，自然物的蒐藏研究，漸被賦與資源調查的任務，即在純學術之外，協助政府在資源的發展、利用與維護上，提供基本的資料。因此，我們擬定了詳細的近程蒐藏計畫，希望在較短的時間內，對博物館所在地的臺灣，完成基本的調查與研究，並大量的收集標本，作為研究的基礎。我們希望與國內各研究單位合作，使館藏標本得以物盡其用，並為研究自然史的學者們提供最佳的研究。
在教育的職責上，我們的使命是提昇國民的科學知識水準，養成國民從事理性思考的習慣，啟發大眾對自然現象的好奇心。只有科學的普及才能使我國脫離落後，與先進國家並駕齊驅。本館展示的內容主要在強調「人與自然」的觀念，並使用最進步的展示與解說方式，把這個理念傳遞給社會大眾。科學是人類在求生存的過程中，探索大自然奧祕的思想結晶，「自然」則是我們賴以生存的環境。我們要自各個角度去了解人類，了解人類與自然互相依存的關係。
經過多年的努力，建館計畫雖已完成，但是面對世界博物館的營運趨勢及快速發展，博物館的使命感有待提昇。在新的時代，我們需要與在地的民眾做更密切的接觸，經營觀念與方式也必須調整，配合地震教育園區的陸續完成，建立成為東亞地區最重要的自然科學博物館，穩定快速地往國際一流博物館的目標發展。
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