本館隸屬教育部，掌理自然科學標本與資料之蒐集、研究、典藏、展示及對大眾、各級學校自然科學教育之推廣、協助等有關事項。
96 年預算員額為335 人。此外，義工向為本館重要的人力資源，96年計有 942 名，協助有關標本蒐藏及導覽解說等服務；另藉重學校教師人力、智慧，建立博物館與學校之溝通橋樑和資訊網路，96度有高中（職）與國中、小自然科學輔導教師（科老師）計 814名。
