傳統中國醫藥經歷數千年來的發展，積累了相當豐富的醫藥知識和經驗，廣布於各個社會階層中，反映了民族歷史、文化、自然資源等方面的若干特點，至今仍持續扮演維護民族健康的角色。

在中國醫藥歷史單元，介紹了醫字的演變、世界最早的人體模型——鍼灸銅人、銅人腧穴鍼灸圖經、中醫藥大事記年表、中醫的先驅甲骨文字的醫藥、馬王堆漢墓的醫藥、漢醫簡、戰國至漢代的名醫和名著、戰國至唐代醫藥名著、中醫對免疫學的貢獻、法醫學的發展、金元四大家、偉大的藥學家——李時珍、中醫對世界的影響、西醫東漸對中醫藥的影響、臺灣地區的醫療體系等。

傳統中國醫學透過望診、聞診、問診、切診四個步驟，來診察患者的症狀。其中針刺和灸灼療法歷史久遠，並且運用在動物的身上。

中國自宋代即樹立了藥局制度，並實行醫藥分業。透過百年中藥舖的陳設，以及傳統和現代中藥炮製技術的展示，一窺中醫藥日新月異的發展。在中藥材方面，可分為：植物、動物、菌藻類、礦物類等，本展示區共展出八十種常用中藥材和生長形態。