在「微觀世界」這個展示區裡，觀眾將可親自操作各種設備，實際觀察奇妙的世界。

　　「生態觀察隧道」內有２２個觀察箱，觀眾可利用手邊的開關控制攝影機，看看各種生物的細微構造與動態。

　　本區自動顯微鏡結合了電腦、視聽技術與顯微鏡。每部電腦顯微鏡包括一臺放大倍率由３５到２８０或５００的電腦控制顯微鏡及顯微攝影機；在電腦控制板面上輸入指令後，螢光幕中就顯示精緻的微體構造及該標本的圖文說明。電腦顯微鏡展出的內容涵括動物學、植物學、地球科學、人體科學與醫學中的特定主題，讓觀眾由標本認識各種自然現象的成因。

　　本區另外還展示偏光顯微鏡、雙筒顯微鏡、內視鏡、立體顯微鏡、電視顯微鏡、掃瞄式電子顯微鏡和觀察自備樣本的顯微鏡。