臺灣由層層疊疊的山巒和四季豐沛的水氣，造就出複雜而多樣的生態系，涵蓋寒帶、溫帶、亞熱帶、熱帶的特殊動植物相。「臺灣自然生態」以中部地區極重要的大甲溪流域及其鄰近區域為主軸，由出海口溯源而上至發源流域，在四個不同的海拔高度選取獨具臺灣特色的生態系，發展出大甲溪口海岸、蓮華池常綠闊葉林、鞍馬山霧林、南湖圈谷等展示主題。大甲溪口海岸和「芸芸眾生」的婆羅洲紅樹林兩處溼地均為棲地保育的熱門話題，前者是鹽生沼澤，後者是紅樹林，各具特色。蓮華池常綠闊葉林點明了臺灣被稱為亞熱帶的原因，和「芸芸眾生」的哥斯大黎加雨林的植物相可做一番比較。鞍馬山霧林是一個溫帶林，卻只出現在溫暖多雨的臺灣中海拔山區，有別於「芸芸眾生」中的中國東北溫帶林的景觀。南湖圈谷因臺灣奇高無比的山區造就成一片雜處在熱帶地區的寒原景象，卻與「芸芸眾生」中的加拿大凍原大異其趣。

　　「臺灣自然生態」、「芸芸眾生」和附近相關主題之劇場教室創造了一個探索臺灣生態系奧祕的場所。藉著豐富的展示和生動活潑的活動，讓觀眾置身在一個有趣的、如真似幻的情境中，逐漸瞭解臺灣自然之美及重要性。