物種保育劇場教室主要是由生態平衡與生命多樣性的觀點來探討保育，以台灣本土各主要生態系、重要物種及所進行的保育工作為主要議題，透過課程的進行增加大眾對於自然生態和生命的認識、關懷與尊重。在這個主題共分為生態、保育及物種三間教室。

1. 生態教室：
   介紹地球上的各種生態系及生活於其間豐富的生物種類，並闡釋生物與環境、生物之間及生物與人類的關係。
   目前課程：入侵紅火蟻
   　
2. 保育教室：
   利用影片、細胞模型及標本，介紹遺傳物質的位置、形狀、組成、特性、功能及變異，並以組織培養、細胞融合、遺傳工程等生物技術為例，說明人類如何針對生物的遺傳物質進行修改，使某些生物具有特殊性質，而對人們的生活產生助益。
   目前課程：有趣的真菌
   [ 課程介紹]
   　
3. 物種教室
   利用影片、模型說明生物「種」的意義，及「種」的基礎──基因庫的概念。
   目前課程：花的傳奇