展場規劃六大主題，首先以敦煌的歷史、地理與地質為序，再探石窟分佈、開鑿過程與建築形制。第三單元將展示石窟內的藻井、邊飾與花磚等建築裝飾，然後進入以壁畫、塑像和複製洞窟為主的精彩主題內容。第四單元介紹石窟內的寶藏，呈現藏經洞所發現的經書、文獻與文物。第五單元陳述敦煌石窟歷經的浩劫與重生歷程，敍說敦煌石窟如何從無人管理的狀態，發展成現今世人研究中古時期文化的重要藝術寶庫。最後第六單元著重在石窟之修復與保存，並敦請臺灣師範大學張元鳳教授協助建構壁畫臨本修護工作室，讓民眾瞭解修復的工序、成果及其重要性。